由于自闭症儿童存在着显著的个体间差异，且个体内部也存在着各个方面不同程度的发展不均衡，要使集体课能够真正兼顾自闭症儿童的个体差异，实现每个学生最大限度的发展，因材施教分层教学十分必要。
实践证明，在集体康复训练活动中实施分层教学，使得整个教学活动都能够面向全体、分层优化。每个环节的设计都努力创设良好的气氛，使自闭症儿童感到喜悦、激动、好奇，其注意力不自觉地被新鲜食物所吸引，并积极、主动参与教学活动。
以下是分层教学介绍：
一、教学辅助分层
自闭症儿童思维、人际关系、语言沟通、智力等方面发展不足使得他们很难接受新事物，任何新事物、新环境、新刺激都有可能导致他们产生哭叫、跳闹、自我伤害、攻击他人等情绪行为。失败所带来的挫败感，更会使他们逃避接触新事物，甚至永远不再去碰触。因此，教学辅助的正确使用是十分必要的，是帮助学生从接受新的学习内容到逐渐掌握此学习内容的重要因素。当自闭症学生接受一个新的学习内容时，教师应及时给予教学辅助。教学辅助可以是他喜欢的强化物，能够使学生产生愉快的体验，从而主观上愿意去继续接受新的刺激，学习新的内容。
自闭症儿童早期接受康复训练时大多是由家长陪读的。因此，在集体康复训练活动中，辅助的使用者不仅仅是教师，更多的则是陪读的家长。这就要求教师在对学生固定分层的基础上，依据学生学习新内容的初始能力，制定分层的教学辅助等级，并提前将此等级辅助的具体内容告知陪读的家长，以便家长进行及时有效的辅助。
如在小肌肉训练《沙画——美丽的气球》一课中，教师提前告知A层学生的家长，尽量让孩子独立或给予孩子言语上简短提示。B层学生的家长则需要用手势提示或伸出自己的手帮助孩子控制其余三指，以便孩子用大拇指与食指、中指捏、捻沙子作画。C层学生的部分家长可能需要完全辅助孩子做出捏、捻沙子的动作。
二、教学对象分层
自闭症儿童在认知、运动、感知、生活自理、沟通、社会适应等方面能力水平与普通儿童相比差异明显，而自闭症儿童之间及其个体内部的各个方面也存在很大的差异。因此，在集体授课前，教师要通过各种方式和途径，了解每一个学生的基本情况，对每个学生各领域的能力发展水平有个基本了解，对全体学生做一个基本稳定的分层分组。
在认知康复训练时，可依据学生知觉、记忆、注意、思维和想象等方面的能力基础，初步将学生分为固定的A、B、C 三个层次，每个层次2-4 名学生不等。A层学生在知觉、记忆、注意、思维和想象等方面相对较好或者至少其中某三个方面较其他学生好;B层则可以是各方面能力都有初步发展或者某一、两方面能力较好的学生;最后将一些在任何方面不具备突出能力、在短时间内根本无法或者不愿意参与到教学活动中的学生定义为C层。
在具体开展言语康复训练时，教师则需要依据学生在语言模仿、记忆、理解、表达等方面的高低重新分组分层，还可以为每个层次的学生起一个可爱的组名，如草莓组、葡萄组等，使具备理解能力的学生和参与教学辅助的家长自尊心不受伤害。
由于自闭症儿童各方面能力发展水平不一致，发展速度不稳定，在进行不同内容的训练时，教师可以在初始分组分层的基础上，依据学生在每部分训练内容或环节中的具体表现及变化等及时、灵活地调整分组。
三、活动设计分层
优秀的活动设计是提高集体康复训练效果的一个重要方面。不同形式的游戏活动，不仅可以巩固该领域的学习内容，还可以综合各个学科领域的学习内容，实现学科间的整合。因此，活动的设计要结合教学内容和学生实际，尽量做到使全体学生都能在活动中得到训练，拓展能力。可以为A层学生设计一些过程复杂、难度大、质量要求高的综合性游戏，使每个学生在原有基础上都能有不同程度的提高。B层学生的活动可以在A层基础上降低质量上的要求，或者取消一些难度稍大的小环节，按要求独立完成即可。对于C层学生，可以再次降低难度，让他们在家长的辅助下完成大多数的活动。
四、教学目标分层
在自闭症儿童的集体康复训练活动中，要根据自闭症儿童能力水平的层次，制定出分层的教学目标，从而选择不同的教学方法，以满足各层次学生的发展需求，收到较好的康复效果，促进全体学生的发展。
例如，《沙画——美丽的气球》活动是对自闭症儿童进行手部小肌肉康复训练。在制定教学目标时，A层学生的目标可定为：独立或在言语提示下用大拇指、食指和中指正确捏、捻沙子作画;B层学生的目标可以制定为：在手势提示或半辅助条件下，大拇指与食指、中指正确捏、捻沙子作画;C层学生的目标可以制定为：用整只手抓、撒沙子的动作作画或在全辅助条件下大拇指与食指、中指捏、捻沙子作画。这样的目标符合不同层次学生的能力水平，又能给予学生通过努力达成目标的机会，使学生能得到老师和家长的表扬、体验成功的喜悦。
五、教学评价分层
在康复训练活动中，对不同层次的学生采用不同的评价标准，用心去寻找每个学生的闪光点，及时肯定点滴进步，对调动学生学习的积极性有着很大的作用。
在评价标准相同的情况下，也可以对评价形式进行分层，这就要求教师了解各种刺激物对学生的刺激强度，并将刺激物排列等级，然后对学生不同的表现给予不同层次的评价。如同样是A层的学生，在竞争型游戏活动中，表现出强烈竞争意识的学生，可以给予物质奖励，比如即食性小食品;表现稍好的，给予孩子与家长拥抱、亲吻的动作奖励;对于没有表现出任何竞争意识，但是能完成整个教学活动的学生，可以直接给予“你做得很好”、“你真棒”等简单的言语表扬。具有差异性的评价形式可以刺激学生努力完成任务以争取更高的评价。